Емхананың тарихы 1930-1934 жылдардан басталады, бастапқыда орталық емхана болған, оған балалар бөлімшесі, гинекология және үйде көмек көрсету қызметі кірген. 1936 жылы емхана мамандандырылған бөлімшелерге бөлінді.
1948 жылы 1-ші қалалық емхана мен стационардың бірігуімен Бірінші қалалық біріккен аурухана құрылды. Учаскелер бойынша тек 1958-1959 жылдары бөлінді. Учаскелерде 6000 адамнан тіркелді. Бірінші емханаға қаланың көп бөлігі қарады.
1977 жылы учаскелер шағындап қайта ұйымдастырылды және халықтың бір бөлігі 3-ші қалалық емханаға және 1980 жылы 2-ші қалалық емханаға берілді.
1985 жылы бір ауысымда 600 тұрғынды қабылдау мақсатында емхананың жаңа заманауи ғимараты пайдалануға берілді. Емхана аурухана құрамында жұмыс істеді.
1994-1997 жылдары - Солтүстік Қазақстан облысында және Қазақстанның басқа да облыстарында денсаулық сақтауды оңтайландыру және қайта ұйымдастыруда ауыр жылдар болды. 1-ші қалалық біріккен аурухананың барлық бөлімшелері қаланың емдеу мекемелеріне таратылды.
1997 жылғы қаңтарда 1-ші қалалық емханаға өз бетінше әрекет ететін заңды тұлға мәртебесі берілді. 1999 жылы эксперимент түрінде бес отбасылық-дәрігерлік амбулатория (ОДА) бөлінді. Ересектер мен балалар емханасы біріктіріліп, педиатрия учаскесі бар консультативтік-диагностикалық емхана құрылды. Мұндай жүйе 1999 жылдан бастап 2001 жылды қоса алған уақыт аралығында жұмыс істеді.
2001 жылы ұйым 60 мыңнан астам халыққа қызмет көрсетуетін ірі көп салалы емхана, «Бірінші қалалық емхана» МҚКК болып қайта құрылды.
2002 жылы Үкіметіміз осы жылды Қазақстан Республикасында «Денсаулық жылы» деп жариялады. Бірінші бас дәрігер, аурухананың негізін қалаушы Алексей Иванович Мухинге (1871-1926 жж) емхананың ғимаратында естелік тақта қойылып, есімі мәңгі есте қалдырылды. Науқастарды құтқара отыра, дәрігер Мухин Алексей Иванович безгек жұқтырып, асқынудан 1926 жылғы 18 мамырда қайтыс болды. Сол жылы денсаулық сақтау саласындағы көп жылғы адал еңбегі мен белсенді қоғамдық қызметі үшін «Еңбек ері» атағына ұсынылды.
2002 жылы БМСК амбулаторлық-емханалық ұйымы «2002 саламатты өмір салты үшін» қаланың ЕАМ көрсеткіші бойынша бірінші орын алды, номинациясы бойынша бірінші орынға ие болғаны үшін кәсіподақ облыстық комитеті мен денсаулық сақтау департаменті бастығының дипломымен марапатталды.
2005-2010 жылдары жылдары ҚР Денсаулық сақтауды дамыту және реформалаудың мемлекеттік бағдарламасына сәйкес 2003 жылы емханада материалдық-техникалық жабдық жақсара бастады, жаңа технология енгізілді, аурудың түрлеріне және азаматтардың бөлек санатын тегін дәрі-дәрмекпен қамтамасыз ету жүзеге асырылды, стационар алмастыратын көмек дамыды. Емханада қазіргі заманғы емдеу-диагностикалау базасы енгізілген. Ресми статистика мәліметтеріне сәйкес ұйымға үш номинация «Активтер көрсеткіші мен міндеттер», «Пайда көрсеткіші», «Өтімділік көрсеткіші» бойынша орын санына қарай ҚР-да 3-ші орын алғаны үшін «2013 сала жетекшісі» атағы берілді. Ұлттық денсаулық күні дипломмен марапатталды, көркемөнер фестиваліне қатысқаны үшін бірнеше рет марапаттарға ие болды. «2014 жылдың үздік мейірбикесі» қалалық конкурста бірінші орын алды.
2014 жылы қаңтарда ҚР ДСМ СҚО әкімдігінің қаулысымен «Қалалық әйелдер консультациясы» ШЖҚ КМК қосылу жолымен «№1 қалалық емхана» ШЖҚ КМК қайта ұйымдастырылды.
2015 жылғы желтоқсан айында СҚО әкімдігінің қаулысымен «№1 қалалық емхана» ШЖҚ КМК оған «Қалалық балалар емханасы» ШЖҚ КМК-ны қосу жолымен қайта құрылды.
Емханада «Денсаулық сақтау ісінің үздігі» омырау белгісімен, «Ерен еңбегі үшін» медалімен, «Шапағат» белгісімен, ҚР Тәуелсіздігінің 10 жылдығына орай ҚР Президенті Н.Ә.Назарбаевтың алғыс хатымен, Денсаулық сақтау министрлігінің және медицина қызметкерлерінің облыстық.
